Крутицкое подворье было основано в XIII веке сначала как монастырь, а затем превратилось в резиденцию епископов Сарских и Подонских. Монастырь был построен на крутом левом берегу Москвы реки, отсюда и его название. Позже в XIII веке мужской монастырь стал Московским подворьем епископов Сарских и Подонских, епархия которых находилась на территории Золотой Орды во времена монгольского владычества.
В 1454 году епископ Вассиан перенес свою кафедру в Крутицы, став, таким образом, епископом Крутицким, Сарским и Подонским. В 1589 году епископы Крутицкие были возведены в сан митрополитов. В 1612 году кремлевские соборы были захвачены и разграблены поляками.
Расцвет Крутиц произошел во времена митрополита Павла II (1670-е гг.), который основал местную библиотеку. Пожар 1737 года серьезно повредил Крутицы. В 1764 г. Сарская и Подонская епархии были упразднены, а в 1785 г. - и Крутицкая. Опустевшее подворье перешло Военному ведомству, а церковное имущество и архивы епархии - кремлевскому Чудову монастырю. Также большой урон нанес пожар 1812 года.
В 1920-е гг. службы в соборе прекратились, утварь была разграблена, фрески и образа замазаны, церкви перестроены под казармы, на кладбище разбита футбольная площадка. С 1947 года начинается реконструкция Крутиц, продолжающаяся до сих пор.
